气相色谱仪石英毛细管色谱柱中有5种内径较为常用。每种都有其特定的应用领域和适合的使用范围。理论上,柱效率与半径平方成反比,半径越小分离效果越好,可是半径越小,色谱柱的使用困难越多,如要求仪器的灵敏度高、时间常数小、死体积小以及柱前压大等。而柱内径大则处理量大,但柱内径过大,将导致柱内径不能均匀的分布在色谱柱中。通常使用的毛细管柱内径可分为:0.53 mm、0.32mm、0.25mm和0.20mm 
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0.53mm内径毛细管柱。0.53mm内径的色谱柱样品容量很大,可与填充柱相比,进样理想方式是直接在高载气流速下注入,从而减少连接体系的死体积,减少色谱峰的拖尾。0.53mm内径柱还可以配合特殊进样口装置,如:柱上进样或冷柱头进样装置,使用0.47mm外径针头的微量注射器进行柱头或冷柱头进样。
 
0.53mm内径柱的毛细管柱相当于由填充柱到毛细管柱的简单升级,可以自己动手对连接接头进行改造。相对简单的样品在分析时可得到比填充柱要好得多的效果,而不像常规0.25mm和0.32mm内径毛细管柱需要专用的连接装置。
 
0.32mm内径毛细管柱。0.32mm内径柱被认为是zui好的色谱柱,具有很好的分离能力、样品容量(取决于膜厚度)。而且弹性较0.53mm内径的好,更易安装,是色谱分析中选用zui多的一种规格。这种色谱柱也可进行柱头进样,但需要特殊的注射器。
 
0.25mm内径毛细管柱。0.25mm(早期多为0.22mm)内径柱具有低流失量、高分辨率的特性,也是很常用的。气相色谱-质谱联用仪多采用此规格柱,通常在规格后标有ms字符,如表1中的DB 5 ms。
 
0.15mm内径毛细管柱。0.15mm内径是常规气相色谱仪中50m柱的zui小内径。就功效而言,它具有zui高的分辨率,用于分析复杂化合物和宽沸程样品很理想。
 
0.10mm内径毛细管柱。0.10mm内径柱只在更短柱长及很高分析速度下进行应用,常用于快速色谱分析。由于柱内径较小,所以色谱柱的负载能力也就比较小,只能够容纳较少的样品,使用时要注意进样量,以保证形成尖锐的色谱峰。