气质联用仪是一种将气相色谱仪和质谱仪联合起来使用的仪器，故而其结构中拥有质谱仪或者是色谱仪的关键部件，包括有离子源、滤质器、检测器等。
其中，离子源在气质联用仪中起着重要的接受样品产生离子的作用，常用的离子化方式有：
1、电子轰击离子化：电子轰击离子化简称EI，是最常用的一种离子源，有机分子被一束电子流(能量一般为70eV)轰击，失去一个外层电子，形成带正电荷的分子离子(M+)，M+进一步碎裂成各种碎片离子、中性离子或游离基，在电场作用下，正离子被加速、聚焦、进入质量分析器分析。但本法不适合于高分子量和热不稳定的化合物。
电子轰击离子化的特点为：结构简单，操作方便；图谱具有特征性，化合物分子碎裂大，能提供较多信息；所得分子离子峰不强，有时不能识别。
2、化学离子化：化学离子化简称CI，是将反应气(甲烷、异丁烷、氨气等)与样品按一定比例混合，然后进行电子轰击，甲烷分子先被电离，形成一次、二次离子，这些离子再与样品分子发生反应，形成比样品分子大一个质量数的(M+1) 离子，或称为准分子离子。准分子离子也可能失去一个H2，形成(M-1)离子。
化学离子化的特点为：不会发生象电子轰击离子化中那么强的能量交换，较少发生化学键断裂，谱形简单；分子离子峰弱，但(M+1) 峰强，可以提供分子量信息。
3、场致离子化：场致离子化适用于易变分子的离子化，如碳水化合物、氨基酸、多肽、抗生素、苯丙胺类等，能产生较强的分子离子峰和准分子离子峰。
4、场解吸离子化：用于极性大、难气化、对热不稳定的化合物。
5、负离子化学离子化：是在正离子MS的基础上发展起来的一种离子化方法，其给出特征的负离子峰，具有很高的灵敏度(10-15g)。
