色谱仪分离方法选择的首要依据是样品的相对分子质量、溶解度和化学构造等。
一、相对分子质量
相对分子质量小于200的化合物，挥发性比较好，加热又不易分化的样品，可用气相色谱仪剖析。相对分子质量在200～2000的化合物，可用液-液分配色谱仪、液-固吸附色谱仪和离子交换色谱仪剖析。相对分子质量大于2000的化合物，可用凝胶色谱仪剖析。
二、溶解度
水溶性样品用离子交换色谱仪和液-液分配色谱仪剖析。微溶于水，但用酸或碱能很好电离的化合物，可用离子交换色谱仪剖析。油溶性和非极性的样品，可用液固吸附色谱仪剖析。
三、化学构造
样品中含有离子型或可离子化的化合物，或者能与离子型化合物相互作用的化合物（如配位体和有机螯合剂），可首要考虑用离子交换色谱仪剖析，但液-液分配色谱仪和凝胶色谱仪也能剖析。具有不同官能团的化合物、同系物，可用液-液分配色谱仪剖析。异构体可用液固吸附色谱仪剖析。高分子聚合物可用凝胶色谱仪剖析。
